先日、平成19年度の与党税制大綱が公表されましたが、

http://www.jimin.jp/jimin/seisaku/2006/pdf/seisaku-030a.pdf
このあたりの論点も、システム化の対象になりそうです。

五 円滑・適正な納税のための環境整備 （p30）
２ 税務手続の電子化促進措置
(3)源泉徴収菅家書類の電子提出
給与等、退職手当等又は公的年金等（以下「給与等」という。）の支払を受ける者は、税務署長の承認を受けた給与等の支払をするものに対し、次に掲げる源泉徴収関係書類について、書面による提出に代えて電磁的方法による提出を行うことができることとする。この場合において、当該給与等の支払を受ける者は、源泉徴収関係書類を提出したものとみなす。
① 給与所得者の扶養控除等申告書
② 従たる給与についての扶養控除等申告書
③ 給与所得者の配偶者特別控除申告書
④ 給与所得者の保険料控除申告書
⑤ 退職所得の受給に関する申告書
⑥ 公的年金等の受給者の扶養親族等申告書
（注）上記の改正は、税務署長の承認を受けた給与等の支払をする者に対し、平成19年7月1日以後に提出する源泉徴収関係書類について適用する。

これが、実現できると企業の年末調整業務は、一気に合理化できそうですね。
後は、税務署の承認条件がどのようなものになるかがポイントです（実際は、結構ハードルが高いかもしれません）。

また、この場合、④保険料控除申告書に添付する保険料控除の証明書は、会社が集めないといけないのでしょうか。
来年から所得税の電子申告を行う場合は、当該証明書の添付は省略できることになるようですが、このケースにも添付省略を認められなければ、結局、紙のやりとりが残ってしまうため合理化の効果は限定されます。