昨日、開催された日本ユニシス主催の商社・卸売業向けセミナー受講者の皆様、ご多忙のところご参加いただきありがとうございました。

質問の時間にお伝えしましたが、仕入税額控除額の計算方法である「個別対応方式」と「一括比例配分方式」は、会社の有利な方法を選択可能です。ただし、一括比例配分方式を採用した場合には、2年間の継続適用が求められています。
継続適用が求められているのは一括比例配分方式だけであり、個別対応方式については、そのようなしばりはありませんので、ご注意ください。
テキスト中に根拠条文を記載していませんでしたが、原文は下記の通りです。

消費税法　第30条　第5項

第2項又は前項の場合において、第2項第2号に定める方法（一括比例配分方式を指しています）により計算することとした事業者は、当該方法により計算することとした課税期間の初日から同日以後2年を経過する日までの間に開始する各課税期間において当該方法を継続して適用した後の課税期間でなければ、同項第1号に定める方法により計算することは、できないものとする。

個別対応方式と一括比例配分方式の詳細については、当ブログ中でも解説しております。
http://iwatani-c.cocolog-nifty.com/blog/2011/07/1-c623.html

また、今回のセミナーは、70分という限られた時間でしたので消化不良の方も多いかと思います。平成23年度の税制改正全般と会計システムの関係については、下記セミナーも用意しておりますので、ご利用いただければ幸いです。

『平成23年度改正消費税法の概要とシステム対応』
2011年　12月22日（木）　13:00‐17：00　日経ビジネススクール主催
http://www.nikkei-nbs.com/nbs/seminar/1112030.html