平成19年度の税制改正による減価償却制度変更の監査上の扱いについて、平成19年4月25日付けで、日本公認会計士協会 監査・保証実務委員会報告第81号「減価償却に関する当面の監査上の取扱い」が公表されています。
（3月14日のブログで、公開草案を解説しておきながら、1ヶ月もフォローが遅れて申し訳ありません。）

http://www.hp.jicpa.or.jp/specialized_field/pdf/2-8-0-2-20070425.pdf

基本的に、公開草案と同様で、従来の償却方法（定率法や定額法）を継続して適用する限り、税法上の償却計算で、企業会計上も問題ありません。
むしろ、既存資産の残存価額の取り扱いについての、以下の記述に留意すべきでしょう。

4(3)2　既存資産の残存価額について

一方、平成19年度税制改正を機に、本報告適用初年度に残存簿価を一括損失処理することは、減損会計基準の適用による減損損失が認められる等、合理的理由がある場合にのみ容認されるものであることに留意する必要がある。